Eksistensi Baitul Maal Hidayatullah tidak lah bisa lepas dari induknya Pesantren Hidayatullah (ormas Hidayatullah). Pesantren yang lahir dari sebuah keprihatinan yang mendalam melihat kondisi ummat yang ada.
Dengan bermodalkan tekat dan semangat yang membara tujuh anak muda yang di pimpin Ust. Abdullah Said (alm) memulai sejarah di rimba Kalimantan timur, tanpa ada dukungan yang berarti bahkan di angap gila saat itu, terus berbuat dan berkarya yang hingga akhirnya sejarah itu tercipta, Hidayatullah telah mewujud menjadi salah satu elemen anak bangsa yang terus berkembang dengan 200 jaringan yang tersebar di seantero nusantara dari sabang hingga merauke papua.
Deret kegiatan dan program telah digulirkan, dari menyantuni anak yatim, mendirikan pusat pembinaan anak sholeh(dhufa), mendirikan lembaga pendidikan gratis hingga menyebarkan Dai ke pedalaman serta banyak lagi aktivitas ibadah sosial yang diretas.
Setiap langkah dari ibadah sosial tersebut, ada peran aktif Baitul Maal Hidayatullah dalam menyokong ragam aktivitas dan program tersebut, hingga akhirnya pemerintah memutuskan pada tahun 2001, Baitul Maal Hidayatullah (BMH) resmi di kukuhkan menjadi Lembaga Amil Zakat Nasional.
